作为外贸企业办理进出口手续重要平台的电子口岸2009年再添3个应用项目。 2009年海关总署会同人民银行研发了跨境贸易人民币结算联网核查系统，通过报关单电子底账数据与企业跨境贸易实际收付数据的交换，实现了跨境人民币结算贸易真实性审核和风险防控。同时，海关总署与税务总局共同开发了保税加工贸易数据联网核查交换系统，通过该系统每日向税务部门传输加工贸易报关单及相应的备案核销电子数据，通过电子底账+联网核查，不仅可以解决因提交纸本单证造成的加工贸易企业办理退税难、占压企业流动资金周期长的问题，同时进一步加强了执法部门监管。此外，为实现保证金台账业务无纸化管理，方便企业网上办理保证金台账业务，海关总署与中国银行、工商银行研发了加工贸易保证金台账联网管理系统，项目上线运行后，不仅可以节省现场关员人数，而且企业每年可减少往返缴费奔波，同时也大大缩减了银行的运营成本。 除了新添功能外，海关还对电子口岸原有功能进行改进完善。比如配合税务总局开展进口增值税“先比对、后抵扣”业务改革，完善了进口增值税数据传输及对账机制，实现了增值税税单数据按日传输，提高了数据的时效性。海关总署与外汇局进一步完善了出口收结汇联网核查系统，增加了“网上交单”及查询统计功能，一方面为企业增加银行账号信息查询功能，使企业能够准确、快捷地查询本单位收汇核销情况；另一方面向银行动态提示企业的业务状态，方便银行及时为企业办理收汇业务。
