在2001年试运行的基础上，从2003年起，昆明理工规定凡进入基地联合培养的全日制博士、硕士研究生均采取“双导师”制，即由基地出任的导师作为第一导师，主要负责研究生的毕业课题；由校方出任的导师作为第二导师，主要负责研究生的课程学习和理论指导。进入基地联合培养的硕士、博士研究生，其主要骨干课程的学习、论文答辩、学位授予由学校研究生院负责，部分专业课程的学习和毕业论文的研究工作由基地负责。学生入校的半年至一年为课程学习阶段，后一年半或是两年半时间为基地现场学习和论文课题阶段。

　　该校校长周荣说，“双导师”制使学校与企业实现了“双赢”。企业及科研院所的科研任务重，但高层次的人力资源不足，而学校的科研课题又难以在生产一线开展。实行“双导师”制后，由于研究生的参与，企业能够完成高质量、高标准的课题；对于学校而言，研究课题的选题来源、研究成果的水平及生产应用价值、学位论文的质量均得到明显的提高，并架起了学校与企业的桥梁。