由此，《黄帝内经》依据天地同律的原则创建了的独特的五运六气历。这种历法特别注意气候变化、人体生理现象与时间周期的关系，是《内经》学术中时空合一理念的集中表达，从非常广泛的时空角度反映了天地人之统一，反映了人与天之间存在着随应而动和制天而用的统一。
　　
　　就一年四时而言，春生、夏长、秋收、冬藏，是气之常也。人亦应之。（《灵枢·顺气一日分为四时》）人的生理功能活动随春夏秋冬四季的变更而发生生长收藏的相应变化。
　　
　　就一年十二月而言，正月二月，天气始言，地气始发，人气在肝。三月四月，天气正方，地气定发，人气在脾。五月六月，天气盛，地气高，人气在头。七月八月，阴气始杀，人气在肺。九月十月，阴气始冰，地气始闭，人气在心。十一月十二月，冰复，地气合，人气在肾。（《素问·诊要经终论》）随着月份的推移，人气在不同部位发挥作用。
　　
　　就一日而言，阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。（《素问·生气通天论》）随着自然界阳气的消长变化，人体的阳气发生相应的改变。
　　
　　二、天人合一的医学内涵
　　
　　《内经》天地人系统中的人与天相通的总原则是：同气相求，同类相应。顺则为利，逆则为害。《淮南子·精神训》曰：天地运而相通，万物总而为一。运而相通指运动过程中的相通关系，而不是静态空间里的结构联系。总而为一指运动方式的同气相求，而不是物质结构的等量齐观。
　　
　　即，天人合一的医学内涵主要是指人作为小宇宙是如何与天地这个大宇宙相应的，其中，人天同构是《内经》天人合一观的最粗浅的层次，人天同象与同类则是中医取象比类思想的具体体现，人天同数则是人与天气运数理的相应。总之，这是将生命过程及其运动方式与自然规律进行类比，是以自然法则为基质，以人事法则为归宿的系统理论。
　　
　　1、人天同构
　　
　　人天同构是《内经》天人合一观的最粗浅的层面。《内经》认为人的身体结构体现了天地的结构。
　　
　　例如《灵枢·邪客》说：天圆地方，人头圆足方以应之。天有日月，人有两目。地有九州，人有九窍。天有风雨，人有喜怒。天有雷电，人有音声。天有四时，人有四肢。天有五音，人有五藏。天有六律，人有六府。天有冬夏，人有寒热。天有十日，人有手十指。辰有十二，人有足十指、茎、垂以应之；女子不足二节，以抱人形。天有阴阳，人有夫妻。岁有三百六十五日，人有三百六十节。地有高山，人有肩膝。地有深谷，人有腋腘。地有十二经水，人有十二经脉。地有泉脉，人有卫气。地有草蓂，人有毫毛。天有昼夜，人有卧起。天有列星，人有牙齿。地有小山，人有小节。地有山石，人有高骨。地有林木，人有募筋。地有聚邑，人有蜠肉。岁有十二月，人有十二节。地有四时不生草，人有无子。此人与天地相应者也。
　　
　　这里把人体形态结构与天地万物一一对应起来。人体的结构可以在自然界中找到相对应的东西，人体仿佛是天地的缩影。其目的在于强调人的存在与自然存在的统一性。
　　
　　2、人天同类
　　
　　我们知道，大谈天人、古今，并寻求其中相通而互感的共同律则，是汉代的时代精神。《汉书·董仲舒传》曰：天人之征，古今之道也。孔子作春秋，上揆之天道，下质诸人情，参之于古，考之于今。《素问·气交变大论》曰：善言天者，必应于人。善言古者，必验于今。善言气者，必彰于物。善言应者，因天地之化。善言化言变者，通神明之理。
　　
　　在中国古代哲学中，天人与古今总连在一起，这种把自然哲学与历史哲学混合起来的现象，是中国哲学的重要特点。
　　
　　但《内经》所强调的人天同类与董仲舒辈的神秘的天人感应不尽相同。《素问·金匮真言论》、《素问·阴阳应象大论》等篇中的五行归类，是根于事物内在的运动方式、状态或显象的同一性。如《素问·金匮真言论》曰：东方青色，入通于肝，开窍于目……其应四时，上为岁星……其臭臊。是将在天的方位、季节、气候、星宿、生成数，在地的品类、五谷、五畜、五音、五色、五味、五臭，在人的五藏、五声、五志、病变、病位等进行五行归类，这样就可以通过类别之间象的普遍联系，来识别同类运动方式的共同特征及其相互作用规律。是同气相求，而不是物质结构的等量齐观。
　　
　　另，《灵枢·通天》还以阴阳为原则将人分为太阴、少阴、太阳、少阳、阴阳和平五类，认为太阴之人多阴而无阳，少阴之人多阴少阳，太阳之人多阳而少阴，少阳之人多阳少阴，阴阳和平之人阴阳之气和。这种将先天阴阳之气作为人性的基础，是先秦诸子人性论所未涉及的。作为医学著作，《内经》并不太关注人性的社会性以及人性是否可以改变等问题，而是以气论人性，从先天生理因素寻找人性的根据，关注五态之人的发病及其治法，为养生治疗提供理论指导。
　　
　　3、人天同象
　　
　　从天人合一观念出发的传统文化与中医学都表现为重道、重神、重无、重和谐、重势，其核心则是象与数，如果对象数无知，则意味着对华夏文明的无知，更不能全面地理解和诠释中医学。[3]
　　
　　所谓象，指的是经验的形象化和系统化。象的特征是动态的，不是单纯地模仿其形，而是模仿其变。象还是全息的，万事万物息息相关。就《内经》而言，藏象系统就是通过生命活动之象的变化和取象比类的方法说明五藏之间以及与其他生命活动方式之间的相互联系和相互作用规律的理论。
　　
　　其中，象又分为法象、气象、形象。法象莫大乎天地（《周易》），举例言，阳中之太阳，通于夏气（《素问·六节藏象论》），为法象；阴阳四时，其华在面（同上），为所见气象；其充在血脉（同上）为所见形象。藏象理论作为《内经》理论最为重要的理论基础之一，是将五藏联系六腑、五官、五体、五志、五声、五情，以五行理论进行阐释的五大象的系统，并完全表现为一种天人合一的综合功能。这是一种自觉的而不是自发的努力，旨在指出人体内部与人体外部都是按照阴阳五行这一基本法则统一、整合起来的。[4]由此可以看出，藏象是一个含有哲学与科学双重意义的概念。