肝癌的发病原因和发病机理，至今仍未明了。可能与慢性肝病（如慢性乙型肝炎，丙型肝炎，肝硬变），某些天然化学致癌物质（如亚硝胺类化合物，有机氯杀虫剂等）以及其它因素（如肝内寄生虫感染、营养不良、遗传）等有关。其确切病因，有待进一步研究。

　　原发性肝癌的大体标本的观察通常可分为三型；即巨块型、结节型和弥漫型。巨块型为单个癌块或多个癌结节融合而成，多见于肝右叶，较少伴发肝硬化，手术切除的机会较多，预后亦较好。但由于癌块的迅速生长，易发生中心部位的坏死、出血，在临床上可有破裂出血等并发症。结节型最为常见，为多个结节性癌灶，大小不一，分布广泛，有半数以上病例波及全肝，大多伴有较严重的肝硬变，手术切除率低。弥漫型最少见，为广泛分散的小结节癌灶，肉眼下难于与肝硬变结节区别，无法进行手术切除。

　　原发性肝癌根据组织学观察可分为肝细胞型肝癌，胆管细胞型肝癌和混合型肝癌三种。以肝细胞型肝癌最多见，占85%以上，且大多数伴有肝硬变。根据癌细胞分化程度，将肝细胞型分为四级，高分化为Ⅰ级，中度分化为Ⅱ级和Ⅲ级，低度分化为Ⅳ级。以中度分化为多见。癌细胞分化程度不同，产生甲胎蛋白能力各异，对临床诊断和治疗效果都有一定影响。